Как да получите координатите на точките и етикетите на клъстерите от R clusplot () - r, ggplot2, cluster-analysis

Използвам алгоритъма k-medoids pam да се направи клъстеризиране въз основа на (симетричната) матрица на разстоянието, tmp, По-долу:

if(!require("cluster")) { install.packages("cluster");  require("cluster") }
tmp <- matrix(tmp <- matrix(c( 0,  20,  20,  20,  40,  60,  60,  60, 100, 120, 120, 120,
20,   0,  20,  20,  60,  80,  40,  80, 120, 100, 140, 120,
20,  20,   0,  20,  60,  80,  80,  80, 120, 140, 140,  80,
20,  20,  20,   0,  60,  80,  80,  80, 120, 140, 140, 140,
40,  60,  60,  60,   0,  20,  20,  20,  60,  80,  80,  80,
60,  80,  80,  80,  20,   0,  20,  20,  40,  60,  60,  60,
60,  40,  80,  80,  20,  20,   0,  20,  60,  80,  80,  80,
60,  80,  80,  80,  20,  20,  20,   0,  60,  80,  80,  80,
100, 120, 120, 120,  60,  40,  60,  60,   0,  20,  20,  20,
120, 100, 140, 140,  80,  60,  80,  80,  20,   0,  20,  20,
120, 140, 140, 140,  80,  60,  80,  80,  20,  20,   0,  20,
120, 120,  80, 140,  80,  60,  80,  80,  20,  20,  20,   0),
nr=12, dimnames=list(LETTERS[1:12], LETTERS[1:12]))
tmp_pam <- pam(as.dist(tmp, diag = TRUE, upper = TRUE) , k=3)
tmp_pam$clusinfo # get cluster info
tmp_pam$silinfo # get silhouette information
clusplot(tmp_pam)

Аз прочетох тук че clusplot употреби cmdscale и princomp, което има смисъл. Редът на операциите обаче не е посочен.

Как мога да получа координатите на Компонент1 и Компонент2 заедно с техните етикети на клъстерите и идентификатори на точки от изхода на clusplot? Искам да имам достъп до тях, за да мога да ги променя / граф в ggplot.

Мога да предположа, че заговорът по някакъв начин е свързан с информацията за силуета, но не разбираме напълно как стигаме до последния парцел по-долу:

Отговори:

Според документация, clusplot използва или

• Основен анализ на компонентите
• Многоизмерно мащабиране

да проектирате данните си. Вероятно зависи от това дали сте предали данни или матрица на разстояние.