आखिरी बार बाश में आगे की प्रक्रिया को रोकने में त्रुटि - बैश

नीचे bash आखिरी बार त्रुटि में प्रतीत होता है done। सही वाक्यविन्यास क्या है जैसा कि मैं प्रतीत नहीं कर सकताबिना किसी त्रुटि के इसे समझने के लिए। इसके बाद कुछ अतिरिक्त प्रक्रियाएं चलती हैं क्योंकि वर्तमान में कोई त्रुटि नहीं फेंक दी जाती है। धन्यवाद :)।

त्रुटि

/home/cmccabe/Desktop/loop.sh: line 79: syntax error near unexpected token `done"
/home/cmccabe/Desktop/loop.sh: line 79: `done >> "$logfile""

दे घुमा के

logfile=/home/cmccabe/Desktop/NGS/API/6-2-2016/process.log
for file in /home/cmccabe/Desktop/NGS/API/6-2-2016/vcf/overall/stats/*.vcf ; do
echo "Start annovar creation: $(date) - file: $file"
echo ${file##*/} >> /home/cmccabe/Desktop/NGS/annovar/target.txt
cp /home/cmccabe/Desktop/NGS/API/6-2-2016/vcf/overall/stats/*.vcf /home/cmccabe/Desktop/NGS/annovar
echo "End annovar file creation: $(date) - file: $file"
done

logfile=/home/cmccabe/Desktop/NGS/API/6-2-2016/process.log
cd "/home/cmccabe/Desktop/NGS/annovar"
$( perl -ne "chomp; system ("perl table_annovar.pl -vcfinput $_ humandb/ -buildver hg19 -arg "-hgvs",,,,,,,,,, -remove -protocol IDP.refGene,avsnp147,popfreq_all_20150413,spidex,ljb26_sift,ljb26_pp2hdiv,ljb26_pp2hvar,ljb26_lrt,ljb26_mt,ljb26_ma,clinvar_20160302 -operation g,f,f,f,f,f,f,f,f,f,f")" < target.txt )
mv /home/cmccabe/Desktop/NGS/annovar/*multianno.txt /home/cmccabe/Desktop/NGS/API/6-2-2016/vcf/overall/annovar
echo "End annovar annotation creation: $(date) - file: $file"
done >> "$logfile"

उत्तर:

आप चाहते हैं >> पर echo लाइन, जैसे। done भी अनावश्यक है; बंद करने के लिए कोई लूप नहीं है:

logfile=/home/cmccabe/Desktop/NGS/API/6-2-2016/process.log
cd "/home/cmccabe/Desktop/NGS/annovar"
$( perl -ne "chomp; system ("perl table_annovar.pl -vcfinput $_ humandb/ -buildver hg19 -arg "-hgvs",,,,,,,,,, -remove -protocol IDP.refGene,avsnp147,popfreq_all_20150413,spidex,ljb26_sift,ljb26_pp2hdiv,ljb26_pp2hvar,ljb26_lrt,ljb26_mt,ljb26_ma,clinvar_20160302 -operation g,f,f,f,f,f,f,f,f,f,f")" < target.txt )
mv /home/cmccabe/Desktop/NGS/annovar/*multianno.txt /home/cmccabe/Desktop/NGS/API/6-2-2016/vcf/overall/annovar
# See here
echo "End annovar annotation creation: $(date) - file: $file" >> "$logfile"