/ / błąd przy ostatnim wykonaniu uniemożliwiający dalsze przetwarzanie w bash - bash

błąd w ostatnim wykonaniu uniemożliwiający dalsze przetwarzanie w bash - bash

Poniżej bash wydaje się błędnie na końcu done. Jaka jest poprawna składnia, której nie mogęaby to zrozumieć bez tworzenia większej liczby błędów. Istnieje kilka dodatkowych procesów, które nie zostaną uruchomione, ponieważ obecnie zgłaszany jest błąd. Dziękuję Ci :).

błąd

/home/cmccabe/Desktop/loop.sh: line 79: syntax error near unexpected token `done"
/home/cmccabe/Desktop/loop.sh: line 79: `done >> "$logfile""

grzmotnąć

logfile=/home/cmccabe/Desktop/NGS/API/6-2-2016/process.log
for file in /home/cmccabe/Desktop/NGS/API/6-2-2016/vcf/overall/stats/*.vcf ; do
echo "Start annovar creation: $(date) - file: $file"
echo ${file##*/} >> /home/cmccabe/Desktop/NGS/annovar/target.txt
cp /home/cmccabe/Desktop/NGS/API/6-2-2016/vcf/overall/stats/*.vcf /home/cmccabe/Desktop/NGS/annovar
echo "End annovar file creation: $(date) - file: $file"
done

logfile=/home/cmccabe/Desktop/NGS/API/6-2-2016/process.log
cd "/home/cmccabe/Desktop/NGS/annovar"
$( perl -ne "chomp; system ("perl table_annovar.pl -vcfinput $_ humandb/ -buildver hg19 -arg "-hgvs",,,,,,,,,, -remove -protocol IDP.refGene,avsnp147,popfreq_all_20150413,spidex,ljb26_sift,ljb26_pp2hdiv,ljb26_pp2hvar,ljb26_lrt,ljb26_mt,ljb26_ma,clinvar_20160302 -operation g,f,f,f,f,f,f,f,f,f,f")" < target.txt )
mv /home/cmccabe/Desktop/NGS/annovar/*multianno.txt /home/cmccabe/Desktop/NGS/API/6-2-2016/vcf/overall/annovar
echo "End annovar annotation creation: $(date) - file: $file"
done >> "$logfile"

Odpowiedzi:

1 dla odpowiedzi № 1

Chcesz >> na echo linia jako taka. The done jest również zbędny; nie ma pętli do zamknięcia:

logfile=/home/cmccabe/Desktop/NGS/API/6-2-2016/process.log
cd "/home/cmccabe/Desktop/NGS/annovar"
$( perl -ne "chomp; system ("perl table_annovar.pl -vcfinput $_ humandb/ -buildver hg19 -arg "-hgvs",,,,,,,,,, -remove -protocol IDP.refGene,avsnp147,popfreq_all_20150413,spidex,ljb26_sift,ljb26_pp2hdiv,ljb26_pp2hvar,ljb26_lrt,ljb26_mt,ljb26_ma,clinvar_20160302 -operation g,f,f,f,f,f,f,f,f,f,f")" < target.txt )
mv /home/cmccabe/Desktop/NGS/annovar/*multianno.txt /home/cmccabe/Desktop/NGS/API/6-2-2016/vcf/overall/annovar
# See here
echo "End annovar annotation creation: $(date) - file: $file" >> "$logfile"