¿Por qué Android Studio borra todos los archivos en git commit? - git, github, android-studio

Recientemente migré de Eclipse a AndroidEstudio. Ahora tengo todo mi proyecto funcionando, pero la estructura del directorio ha cambiado en Android Studio, así que tengo que confirmar estos cambios en mi repositorio de GitHub, así que hice:

• Copiado .git carpeta de Eclipse Project a Android Studio Project
• VCS -> Git -> Añadir a VCS

Así que ahora tengo un repositorio de Git y puedo ver todos los cambios que hice en Eclipse en Changes View. Ahora para cometer la nueva estructura del proyecto:

• VCS -> Confirmar cambios

Se abre una nueva ventana con los cambios y veo que Android Studio quiere eliminar TODOS mis archivos excepto 2, uno que modifiqué en Android Studio y el otro un archivo .iml.

Así que cuando cometo todos los archivos de mi proyecto soneliminado de mi repositorio git en lugar de confirmar casi todo y eliminar algunas carpetas debido a un cambio en la estructura del directorio. ¿Por qué sucede esto? ¿Es un error? ¿Hay algún trabajo alrededor?

Respuestas

Finalmente lo hago funcionar correctamente, el procedimiento en Linux sería:

1. Descargar e instalar gitg. En las distribuciones basadas en Debian puede instalarlo con sudo apt-get install gitg
2. Confirma los cambios usando gitg (confirmará los cambios como debería sin el error en Android Studio)
3. Reiniciar Android Studio

Ahora Android Studio funcionará como se espera con GIT.