Cómo hacer una PCA con valores 0 (cero) - r, pca

Quiero hacer un PCA en R con valores de lluvia mensuales. Como no llueve durante el invierno, algunos valores en mis columnas son 0.

Cuando ejecuto la PCA, aparece el siguiente mensaje en la consola: Error en cov.wt (z): "x" solo debe contener valores finitos

Creo que lo que R me está diciendo aquí es que no le gustan mis 0 valores.

Entonces, intenté cambiar mis valores de 0 a "números reales" multiplicando todo por 1.0000000001. Pero incluso si hago eso y ejecuto R nuevamente con los nuevos valores, aparece el mismo mensaje.

Leí que tendría que deshacerme de lafilas con cualquier valor faltante en ellas (que puedo "t") o usar un código PCA que pueda tratar con valores faltantes imputándolos de alguna manera. Pero mis 0 "son valores reales, no valores faltantes.

Encuentro mucha información en la web sobre cómolidiar con valores perdidos o valores de NA pero nada sobre cómo lidiar con valores cero. ¿Alguien tiene alguna sugerencia de cómo puedo hacer esto? ¡Muchas gracias por su ayuda!

Respuestas

Mi conjetura es que "Error en cov.wt (z): "x" solo debe contener valores finitos "se queja de que algunas covarianzas no son finitas, es decir, NA / NaN. Esto puede suceder si tiene variables que tienen una desviación estándar de 0.

Código de ejemplo:

latent = rnorm(10)
data = data.frame(rep(0,10), #10 0"s
latent+rnorm(10),  #latent and noise
latent+rnorm(10),     #
latent+1.5*rnorm(10)) #
colnames(data) = c("zeros","var1","var2","var3")

library(psych)
principal(data)     #error!
principal(data[-1]) #no errors