Tomcat tiene problemas con los archivos JAVA de un archivo WAR - tomcat6

¿Alguien podría ayudarme? Tengo el código que se ejecuta con éxito en Eclipse. Pero cuando creo un archivo WAR y trato de ejecutarlo, el servidor Tomcat no puede encontrar los archivos JAVA. ¿Existe una gran diferencia entre ejecutar el código a través de Eclipse en Tomcat y ejecutar el archivo WAR directamente en el servidor Tomcat?

Cualquier ayuda o consejo para ayudarme a resolver lo que está sucediendo sería de gran agradecimiento, incluso si es solo un punto de partida para que comience a investigarlo yo mismo.

Gracias por tu tiempo.

Respuestas

Tomcat no puede hacer nada con los archivos .java. Debe empaquetar los archivos .class compilados, no los archivos .java de origen.