Courbes de contour remplies / Isoplètes dans R - r, heatmap, contour

J'essaie de créer un tracé de contour rempli en Rillustrant les températures de l'eau dans une colonne d'eau au fil du temps. Les températures de l'eau sont mesurées à environ 1 m d'intervalle, mais pas toujours. Je peux créer un tracé de contour rempli avec des températures prises à des intervalles de profondeur réguliers mais pas à des intervalles de profondeur irréguliers; cette parcelle semble ignorer les températures collectées à intervalles irréguliers. Ci-dessous sont mes données où la première ligne de la matrice sont les profondeurs (y) et la première colonne sont les dates (x) les échantillons ont été prélevés (z). Tout conseil ou exemple de code serait apprécié.

Je vous remercie.

                 0     1     2     3     3     5     6     7     8     9    10  10.1  10.2  10.5  10.6  10.7    11  11.5
1   6/5/2015 14.79 14.81 14.73 14.73 14.71 14.70 14.71 14.70 14.70 14.70 14.70    NA    NA 14.70    NA    NA    NA    NA
2  6/10/2015 17.40 17.40 17.39 17.38 17.40 17.41 17.42 17.39 17.40 17.41 17.42    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
3  6/18/2015 17.79 17.75 17.75 17.75 17.74 17.75 17.74 17.74 17.74 17.74 17.74    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
4  6/29/2015 17.38 17.39 17.40 17.40 17.38 17.34 17.34 17.33 17.33 17.32 17.32    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
5   7/7/2015 20.66 20.59 20.56 20.43 20.05 20.04 20.04 20.04 20.04 20.04 20.03    NA 20.04    NA    NA    NA    NA    NA
6  7/15/2015 24.16 24.16 24.14 24.12 24.12 24.12 24.12 24.13 24.14 24.14 24.14    NA    NA 24.14    NA    NA    NA    NA
7  7/23/2015 22.15 21.97 21.80 21.82 21.79 21.81 21.81 21.82 21.82 21.82 21.83 21.83    NA    NA    NA    NA    NA    NA
8  7/29/2015 25.45 24.73 23.87 23.84 23.84 23.85 23.85 23.85 23.85 23.84 23.84    NA 23.84    NA    NA    NA    NA    NA
9   8/5/2015 25.19 25.04 24.40 24.35 24.33 24.30 24.24 24.23 24.21 24.18 24.17    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
10 8/12/2015 24.01 23.88 23.68 23.58 23.53 23.52 23.52 23.54 23.57 23.60 23.58    NA    NA    NA    NA 23.63    NA    NA
11 8/19/2015 25.25 25.06 25.01 24.99 24.91 24.91 24.91 24.91 24.91 24.91 24.91    NA    NA    NA 24.91    NA    NA    NA
12 8/28/2015 25.30 24.96 24.37 24.32 24.29 24.27 24.25 24.24 24.23 24.23 24.23    NA    NA    NA    NA    NA 24.23 24.23
13  9/9/2015 25.36 25.19 24.97 24.79 24.71 24.67 24.63 24.62 24.62 24.61 24.60    NA    NA    NA    NA    NA 24.60    NA

Réponses:

Voici un moyen de créer un tracé de contour rempli en utilisant le filled.contour() fonction en base R. Le tracé de contour résultant est limité non par les intervalles irréguliers, mais par le manque de données à des profondeurs supérieures à 10.

mat <- structure(c(14.79, 17.4, 17.79, 17.38, 20.66, 24.16, 22.15, 25.45,
25.19, 24.01, 25.25, 25.3, 25.36, 14.81, 17.4, 17.75, 17.39,
20.59, 24.16, 21.97, 24.73, 25.04, 23.88, 25.06, 24.96, 25.19,
14.73, 17.39, 17.75, 17.4, 20.56, 24.14, 21.8, 23.87, 24.4, 23.68,
25.01, 24.37, 24.97, 14.73, 17.38, 17.75, 17.4, 20.43, 24.12,
21.82, 23.84, 24.35, 23.58, 24.99, 24.32, 24.79, 14.71, 17.4,
17.74, 17.38, 20.05, 24.12, 21.79, 23.84, 24.33, 23.53, 24.91,
24.29, 24.71, 14.7, 17.41, 17.75, 17.34, 20.04, 24.12, 21.81,
23.85, 24.3, 23.52, 24.91, 24.27, 24.67, 14.71, 17.42, 17.74,
17.34, 20.04, 24.12, 21.81, 23.85, 24.24, 23.52, 24.91, 24.25,
24.63, 14.7, 17.39, 17.74, 17.33, 20.04, 24.13, 21.82, 23.85,
24.23, 23.54, 24.91, 24.24, 24.62, 14.7, 17.4, 17.74, 17.33,
20.04, 24.14, 21.82, 23.85, 24.21, 23.57, 24.91, 24.23, 24.62,
14.7, 17.41, 17.74, 17.32, 20.04, 24.14, 21.82, 23.84, 24.18,
23.6, 24.91, 24.23, 24.61, 14.7, 17.42, 17.74, 17.32, 20.03,
24.14, 21.83, 23.84, 24.17, 23.58, 24.91, 24.23, 24.6, NA, NA,
NA, NA, NA, NA, 21.83, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA,
20.04, NA, NA, 23.84, NA, NA, NA, NA, NA, 14.7, NA, NA, NA, NA,
24.14, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA,
NA, NA, NA, 24.91, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA,
23.63, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA,
24.23, 24.6, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 24.23,
NA), .Dim = c(13L, 18L), .Dimnames = list(c("6/5/2015", "6/10/2015",
"6/18/2015", "6/29/2015", "7/7/2015", "7/15/2015", "7/23/2015",
"7/29/2015", "8/5/2015", "8/12/2015", "8/19/2015", "8/28/2015",
"9/9/2015"), c("0", "1", "2", "3", "4", "5", "6", "7", "8", "9",
"10", "10.1", "10.2", "10.5", "10.6", "10.7", "11", "11.5")))

dates <- as.Date(dimnames(mat)[[1]], "%m/%d/%Y")
depths <- as.numeric(dimnames(mat)[[2]])

filled.contour(x=dates, y=depths, z=mat, xlab="Date", ylab="Depth")