बायोपीथॉन स्थानीय ब्लास्ट डेटाबेस त्रुटि - पायथन, डेटाबेस, पथ, बायोपीथॉन, विस्फोट

मैं Biopython के NcbiblastxCommandline टूल का उपयोग करके "nr" डेटाबेस के साथ स्थानीय रूप से ब्लास्टक्स चलाने की कोशिश कर रहा हूं, लेकिन मुझे प्रोटीन डेटाबेस खोज पथ के बारे में हमेशा निम्न त्रुटि मिलती है:

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbiblastxCommandline
>>> nr = "/Users/Priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.26+/bin/nr.pal"
>>> infile = "/Users/Priya/Documents/Python/Tutorials/opuntia.txt"
>>> blastx = "/Users/Priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.26+/bin/blastx"
>>> outfile = "/Users/Priya/Documents/Python/Tutorials/opuntia_python_local.xml"
>>> blastx_cline = NcbiblastxCommandline(blastx, query = infile, db = nr, evalue = 0.001, out = outfile)
>>> stdout, stderr = blastx_cline()
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File     "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/Bio/Application/__init__.py", line 443, in __call__
stdout_str, stderr_str)
Bio.Application.ApplicationError: Command "/Users/Priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.26+/bin/blastx -out /Users/Priya/Documents/Python/Tutorials/opuntia_python_local.xml -query /Users/Priya/Documents/Python/Tutorials/opuntia.txt -db /Users/Priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.26+/bin/nr.pal -evalue 0.001" returned non-zero exit status 2, "BLAST Database error: No alias or index file found for protein database [/Users/Priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.26+/bin/nr.pal] in search path [/Users/Priya::]"

मुझे यकीन नहीं है कि nr डेटाबेस को इंगित करने के लिए पथ को कैसे बदला जाए, जिसे मैंने डाउनलोड किया है, लेकिन मुझे लगा कि मैंने इसे सही ढंग से इंगित किया है क्योंकि मैं बिना किसी समस्या के कमांड लाइन से इस कोड को चला सकता हूं:

Priyas-iMac:~ Priya$ /Users/priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.26+/bin/blastx -query /Users/priya/Documents/Python/Tutorials/opuntia.txt -db /Users/priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.26+/bin/nr -out /Users/priya/Documents/Python/Tutorials/opuntia_local.xml -evalue 0.001 -outfmt 5

उपरोक्त कमांड लाइन कोड विस्फोट परिणाम की एक xml फ़ाइल बनाता है जैसा कि मुझे उम्मीद है।

बायोपथॉन NCBI कमांड लाइन टूल्स के साथ इस समस्या को हल करने में किसी भी मदद की बहुत सराहना की जाएगी!

उत्तर:

तुंहारे nr चर समाप्त होता है nr.pal. nr (के बिना .pal) ठीक होना चाहिए। अगर निकाल रहा है pal doesn "t काम। आप एक स्थापित करने की कोशिश कर सकते हैं .ncbirc आपके घर निर्देशिका में फ़ाइल जिसमें यह है:

[BLAST]
BLASTDB=/directory/path/to/blast/databases

यह मूल रूप से ब्लास्ट डेटाबेस लुक्स के लिए एक पर्यावरण चर स्थापित करता है। बाद में, आप बस का उपयोग कर सकते हैं nr (कोई रास्ता आवश्यक नहीं) nr चर।

वैसे, आप द्वारा निर्मित कमांड लाइन की जांच कर सकते हैं NcbiblastxCommandline का उपयोग करते हुए print blastx_cline। मेरा अनुमान है कि यह वही नहीं है जो आपने स्वयं टाइप किया था।

संपादित करें: बाहर की जाँच करें http://www.biostars.org/ StackExchange के प्रारूप के समान जैव सूचना विज्ञान-विशिष्ट प्रश्नों के लिए।

ऐसा लगता है कि कमांड जो काम करता है वह एक अलग db को सूचीबद्ध करता है जो कोड नमूने के भीतर से बुलाया जा रहा है:

# In the code
-db /Users/Priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.26+/bin/nr.pal

बनाम

# From the command line
-db /Users/priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.26+/bin/nr

पंक्ति 2 में उस पथ के असाइनमेंट को nr में बदलने का प्रयास करें ताकि यह ".pal" के बिना पथ को प्रतिबिंबित करे जो आप कमांड लाइन से उपयोग करते हैं।