Come disegnare una heatmap in R usando heatmap.3 package - r, heatmap

Ho visto alcune fonti per disegnare una heatmap in R usando lo standard heatmap e heatmap.2 pacchetti, ma devo ancora imbattersi in un esempio che usa il nuovo heatmap.3 pacchetto. L'unica fonte che ho trovato per questo era https://www.biostars.org/p/18211/. Tuttavia, anche qui, l'autore fa il suo heatmap.3 pacchetto, non lo standard heatmap.3 pacchetto da CRAN http://cran.r-project.org/web/packages/GMD/GMD.pdf. Ho provato a capire come creare una heatmap con heatmap.3 da quella documentazione di CRAN, ma non sapevo nemmeno da dove cominciare, mi sono immediatamente perso in tutte le oltre 50 opzioni possibili. Qualcuno può farmi iniziare?

Il mio file di input delimitato da tabulazioni ha il seguente aspetto:

EntryA  EntryB  EntryC  EntryD  EntryE
John    48  31  57  55
Mary    88  11  89  78
Sarah   33  66  42  54

risposte:

Vedi sotto un esempio di base usando heatmap 3 sul tuodati (per una trama più bella, gli assi ecc. devono essere modificati). Il passaggio fondamentale è creare una matrice con i nomi dei giocatori. Ho trasformato il data.frame in una matrice come questo è fatto negli esempi forniti nel manuale GMD ma funziona anche bene su data.frames.

library(GMD)

dat<-data.frame(EntryA=as.numeric(c(48,88,33)), EntryB=as.numeric(c(31,11,66)), EntryC=as.numeric(c(57,89,42)), EntryD=as.numeric(c(55,78,54)))

rownames(dat)=c("John","Mary","Sarah")

ndat<-as.matrix(dat)

heatmap.3(ndat, Rowv=FALSE, Colv=FALSE)