CytoscapeへのIgraphレイアウトのエクスポート - ネットワーキング、igraph、サイトスコープ

igraphプロットを作成しました R データフレームの使用 Diff および隣接行列 adjacency 経由で取得したプロットを保存したい layout.mds で読める形式で Cytoscape。どうすればそれを行うことができますか？

データフレームは次のとおりです。

差分：

 0.0  0.1  0.2  0.3  0.4
0.1  0.0  0.5  0.6  0.7
0.2  0.5  0.0  0.8  0.9
0.3  0.6  0.8  0.0  1.0
0.4  0.7  0.9  1.0  0.0

隣接関係：

0  1  1  0  0  0
0  0  0  1  1  0
0  1  0  0  1  0
0  0  0  0  0  1
1  0  0  1  0  0

プロットを取得するために使用されるコードは次のとおりです。

data <- Diff

library(igraph)
graph <- graph.full(nrow(data))

layout <- layout.mds(graph, dist=as.matrix(data), dim=3)
edge <- graph.adjacency(as.matrix(adjacency),mode="directed")

plot(edge, layout=layout)

回答：

私たちのパッケージを使用できます NetPathMiner 機能がある plotCytoscapeGML ネットワークプロットをGML形式にエクスポートし、Cytoscapeで直接インポートできます。

注意： また、RESTfulソリューションを使用して実行可能でなければなりません ここの例.

注意： RCytoscape コメントで提案されているCytoscape 3との互換性はありません。