ODE丘の動態から確率的な大量作用 - シミュレーション、バイオインフォマティクス、速度、決定論的、確率過程

ODEを含むモデルを確率論的モデルに変換する問題に直面しています。

元のモデルには2つの式が含まれています。

1）k6f2 * PKB_S473P ^ n6 /（km6 ^ n6 + PKB_S473P ^ n6））* AS160

2）k9f1 * S6K * mTORC1a ^ n9 /（km9 ^ n9 + mTORC1a ^ n9）

ヒルのキネティクスで説明されています。

以前の2つの式を質量作用則に変換して、確率的シミュレーターでそれらをシミュレートする方法を知りたいと思っていました。

よろしくお願いします！

回答：

高濃度の場合、前者は 有界 後者はしませんが、レート。質量作用法則は、ヒルキネティクスで見られる飽和効果を示しません。よくても、Hill関数を近似できます。 ローカルに 大量のアクションで、しかしあなたのシミュレーションは安定した定常状態の周りで行われます。または、適切な係数を使用して中間種と反応を導入すると、ミカエリス-メンテンス速度論（単位ヒル係数を使用したヒル速度論）を取得できます。原則として、より複雑な中間種を使用して協調性を取り戻すこともできますが、これはおそらくかなり複雑です。