Extensão PHP MongoDB não reconhecido no script de linha de comando - php, linux, codeigniter, mongodb, ubuntu

Eu usando um novo servidor (Rackspace, Ubuntu 10.04) tentando executar um arquivo php via shell linux, e o arquivo usa o MongoDB para inserir e armazenar informações sendo coletadas. Eu continuo recebendo um erro que está definido na biblioteca MongoDB que estou usando: "A extensão MongoDB PECL não foi instalada ou ativada"

Quando eu executo o mesmo arquivo / script em uma janela do navegador, ele funciona muito bem.

Algumas coisas a notar:

• MongoDB php extension está instalado e habilitado (confirmado via phpinfo)
• Usando o CodeIgniter com a biblioteca do MongoDB encontrada aqui: https://github.com/alexbilbie/codeigniter-mongodb-library
• Usando a extensão bootstrapper do cron job do Code Igniter encontrada aqui: http://codeigniter.com/wiki/Cron_job_bootstrapper

Eu usei todos os itens acima juntos em um servidor anterior diferente, sem problemas.

Eu sou novo em configurar um servidor 100% sozinho,Alguém pode me ajudar a entender por que a extensão PHP MongoDB não seria reconhecido quando executado via shell, mas funciona quando acessado via http? Seria um problema com a configuração do meu servidor ou o problema tem a ver com as bibliotecas que estou usando?

Respostas:

O Ubuntu tem dois php.ini, um para o Apache, um para linha de comando. Se bem me lembro eles estão em:

/etc/php5/apache/..
/etc/php5/cli/...