Adicionar na.omit como argumento em uma função - r, na

Eu tenho a seguinte lista de pvalues

pval.list <- list(list(a=c(0.05, 0.0001, 0.32, 0.45), b=c(0.1,0.12,0.01,0.06), c=c(0.1,0.12,0.01,0.06), d=c(0.01,0.02,0.03,0.04)),
list(e=c(0.04, NA, 0.232, 0.245), f=c(0.05, 0.01, 0.22, 0.54), g=c(0.005, 0.1, 0.032, 0.045)),
list(h=c(0.03, 0.01, NA, 0.4), i=c(0.5, 0.0001, 0.132, 0.045), j=c(0.005, 0.0001, 0.0032, 0.045), k=c(0.5, 0.1, 0.932, 0.545)),
list(l=c(0.022, NA, 0.32, 0.45), m=c(0.0589, 0.0001, NA, 0.0045)),
list(n=c(0.051, 0.01, 0.32, 0.45), o=c(0.05, 0.0001, 0.32, 0.45), p=c(0.05, 0.0001, 0.32, 0.45), q=c(0.05, 0.0001, NA, 0.45)),
list(r=c(NA, 0.001, 0.32, 0.45), s=c(0.05, 0.0001, NA, 0.45), t=c(0.05, 0.0001, 0.32, 0.45)))

Eu estou tentando aplicar uma função (veja abaixo) a esta lista:

Fisher.test <- function(p) {
Xsq <- -2*sum(log(p))
p.val <- 1-pchisq(Xsq, df = 2*length(p))
return(p.val)
}

Seguindo as indicações de @ G.Grothendieck eu usei este comando: lapply(lapply(pval.list, Reduce, f = cbind), apply, 1, Fisher.test) no entanto, quando há valores ausentes na lista, a abordagem não funciona. Eu tentei incorporar na.omit como argumento para lapply mas isso não resolve o problema.

Devo adicionar na.omit como um argumento em Fisher.test função?

obrigado

Respostas:

Seus NAs são produzidos em sum. Se você passar o argumento na.rm=TRUE, você não terá NAs no seu resultado:

Xsq <- -2*sum(log(p), na.rm=TRUE)

Você poderia fazer uma na.rm argumento para Fisher.teste passar verdadeiro ou falso de lapplymas quando você sempre quer excluir NAs você deve apenas definir o argumento na função.

Chamando a função em seus pvalues:

lapply(lapply(pval.list, Reduce, f = cbind), apply, 1, Fisher.test)

dá:

[[1]]
[1] 1.953968e-03 2.999509e-05 5.320831e-04 1.339104e-02

[[2]]
[1] 0.0007878665 0.0317662968 0.0457435481 0.1146067577

[[3]]
[1] 8.982382e-03 3.055250e-08 4.719676e-02 5.094879e-02

[[4]]
[1] 0.009911091 0.001021034 0.684618971 0.014584426

[[5]]
[1] 2.357950e-03 6.135981e-11 5.543601e-01 6.038488e-01

[[6]]
[1] 6.235072e-02 3.470933e-09 6.016501e-01 5.708789e-01

Todos os valores de NA são removidos antes de calcular a soma. Isso faz o que você quer?