summary () функція дає дивні результати з Knitr / RStudio - r, knitr, rstudio

В даний час я відчуваю деякі дивні проблемипід час обробки простого сценарію Markdown під RStudio. Функція Summary () дає неправильний результат, і я не можу зрозуміти, що відбувається, оскільки RStudio взагалі не робить жодної помилки.

Якщо я виконую наступний сценарій RMarkdown (я поставив файл з даними тут)

```{r}
load("mydata.rda")
summary(mydata$b)
head(sort(mydata$b))
```
```{r}
sessionInfo()
```

Я отримую наступний результат

load("mydata.rda")
summary(mydata$b)
##    Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max.
##       0    6000   10000   12000   16000   35000

head(sort(mydata$b))
## [1] -0.01 -0.01  0.00  0.00  0.00  0.00

sessionInfo()
## R version 2.15.1 (2012-06-22)
## Platform: x86_64-apple-darwin9.8.0/x86_64 (64-bit)
##
## locale:
## [1] es_ES.utf-8/es_ES.utf-8/es_ES.utf-8/C/es_ES.utf-8/es_ES.utf-8
##
## attached base packages:
## [1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base
##
## other attached packages:
## [1] knitr_1.0.5
##
## loaded via a namespace (and not attached):
## [1] digest_0.5.2   evaluate_0.4.3 formatR_0.6    plyr_1.7.1
## [5] stringr_0.6.1  tools_2.15.1

Як видно, результат неправильний, тому щофактичне мінімальне значення змінної "b" є негативним, щось здається, що виконання summary () ігнорує. Я спробував те ж саме з скриптом Knitr Rnw pdf, і він робить точно так само. Однак, коли я запускаю його через Sweave, результат - добре.

Яка функція підсумку повертає, коли вона викликається під knitr / RStudio? Чи є це побічним ефектом чогось, що мені не вистачає, або помилка?

З повагою, Гус

Відповіді:

Спробуйте додати до верхньої частини документа документ:

```{r, echo=FALSE}
options(digits = 7)
```

Щоб дізнатись, яка різниця між сеансом R та відміткою -> сесія HTML knitr, введіть наступне на консолі R і включіть його у ваш документ markddown та порівняйте результати кожного з них:

options()

options("digits") в стандартному сеансі R - 7, але в середовищі, що в'язання HTML-документа з файлу зниження (принаймні в моїй системі) становить 4. Не впевнений, де він встановлений;)