Načítanie rpy2 na notebook Jupyter alebo v konzole mi prinieslo nasledujúcu chybu:
Traceback (most recent call last):
File "/home/louis/anaconda3/lib/python3.5/runpy.py", line 184, in _run_module_as_main
"__main__", mod_spec)
File "/home/louis/anaconda3/lib/python3.5/runpy.py", line 85, in _run_code
exec(code, run_globals)
File "/home/louis/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/rpy2/tests.py", line 23, in <module>
import rpy2.tests_rpy_classic
File "/home/louis/anaconda3/lib/python3.5/site- packages/rpy2/tests_rpy_classic.py", line 3, in <module>
import rpy2.rpy_classic as rpy
File "/home/louis/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rpy_classic.py", line 5, in <module>
import rpy2.rinterface as ri
File "/home/louis/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py", line 92, in <module>
from rpy2.rinterface._rinterface import (baseenv,
ImportError: /home/louis/anaconda3/lib/libgomp.so.1: version `GOMP_4.0" not found (required by /usr/lib/R/lib/libR.so)
- R verzia: 3.2.3
- Python verzia: 3.5.2 :: Anaconda custom (64-bit)
- OS: ubuntu 16.04 LTS 64 bit
- rpy2 verzia: 2.8.5
Neviem, ako je to dôležité, ale mám nainštalovaný gcc a môžem importovať rpy2 do pythonu.
Akákoľvek pomoc alebo náznak by bol veľmi ocenený.
Po komentári omri_saadon som nastavil LD_LIBRARY_PATH na všetky cesty, ktoré viedli k adresáru libgomp, ktoré sú:
- $ HOME / anaconda3 / PKGS / gcc-4.8.5-7 / lib
- $ HOME / anaconda3 / PKGS / libgcc-4.8.5-2 / lib
- $ HOME / anaconda3 / PKGS / lib
ale vždy má rovnakú chybu:
ImportError: path_to_libgomp/libgomp.so.1: version `GOMP_4.0" not found (required by /usr/lib/R/lib/libR.so)
Takže moje pátranie pokračuje ^ ^ (musím priznať, že neviem, čo sa vlastne deje).
Keď sa mi podarí nastaviť export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu (nájdený v režime root) Mám iný druh chyby:
import rpy2.rinterface as ri
File "/home/louis/anaconda3/lib/python3.5/site- packages/rpy2/rinterface/__init__.py", line 92, in <module>
from rpy2.rinterface._rinterface import (baseenv,
ImportError: /home/louis/anaconda3/bin/../lib/libreadline.so.6: undefined symbol: PC
a keď sa potom najprv pokúsim importovať readline balík (ako sa zdá, že pracoval s niektorými) dostanem:
import rpy2.rinterface as rinterface
File "/home/louis/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py", line 92, in <module>
from rpy2.rinterface._rinterface import (baseenv,
ImportError: /usr/lib/libblas.so.3: undefined symbol: gotoblas
odpovede:
1 pre odpoveď č. 1Zdá sa, že sa nakoniec podarilo inštalovať a používať rpy2.
To, čo som urobil ?
Nainštaloval som ho s manažérom balíkov conda a nie pip. S práve conda install rpy2, Skončila som.
0 pre odpoveď č. 2
Skúsil si to
RUN conda install -y gcc
Zdá sa, že práca pre ľudí s podobnými problémami - Chýba GOMP_parallel alebo GOMP_4.0 v (Docker) jupyter / all-spark-notebook: obe R a Python