R hierarchický problém klastrovania so vstupnou maticou - r, matica, hierarchické zhlukovanie

Som začiatočník v R. Mám graf s 11 vrcholmi. Snažím sa robiť dendrogram s jednotným prepojením, ale dostanem nejakú zvláštnu chybu. Toto je vlastná matica vzdialenosti, ktorú som vytvoril ručne. Jeho matice 11x11.

mat<-matrix(c(0,1,2,3,3,1,2,2,2,3,2,
1,0,1,2,2,2,1,2,3,2,3,
2,1,0,1,1,2,2,1,2,3,3,
3,2,1,0,1,3,3,2,3,4,4,
3,2,1,1,0,3,3,2,3,4,4,
1,2,2,3,3,0,1,1,1,2,1,
2,1,2,3,3,1,0,1,2,1,2,
2,2,1,2,2,1,1,0,1,2,2,
2,3,2,3,3,1,2,1,0,1,1,
3,2,3,4,4,2,1,2,1,0,1,
2,3,3,4,4,1,2,2,1,1,0),nrow=11,byrow=TRUE)
rownames(mat)<-c("v1", "v2", "v3", "v4", "v5", "v6", "v7", "v8", "v9", "v10", "v11")
colnames(mat)<-c("v1", "v2", "v3", "v4", "v5", "v6", "v7", "v8", "v9", "v10", "v11")

Keď sa pokúsim spustiť svoju funkciu hclust takto:

singleLinkage <- hclust(mat,method="single")

Chyba chyby v prípade (je.na (n) || n> 65536L) stop ("veľkosť nemôže byť NA ani neprevyšuje 65536"): chýbajúca hodnota, ak je potrebná hodnota TRUE / FALSE. Myslím, že chyba je v matici. V hclust funkcii by mala byť niektorá matica, ktorá je vytvorená funkciou dist, ale ten pojem vôbec nerozumiem. Prosím, môže niekto pomôcť kde je chyba? Ďakujem mnohokrát. :)

odpovede:

Uhádol si to. Musíte prejsť hclust a dist objekt. Ste si, že výpočet dist, alebo, ako vo vašom prípade, donútenie matrix dist (pretože už má svoje vlastnosti).

hclust(as.dist(mat), method = "single")