Utwórz wszystkie permutacje 4 liter - java, permutacja

Chcę utworzyć tablicę wszystkich permutacjiseria 4 liter (nazwij je A, C, G, T dla 4 rodzajów zasad nukleotydowych). Program powinien zapytać użytkownika o wartość k, długość permutacji. Mam go do tego stopnia, że ​​mogę uzyskać permutacje, ale pokazuje tylko te bez powtórzeń. Oto program, dane wyjściowe, które mi teraz podaje, i dane wyjściowe, które chcę dać mnie.

import java.util.Arrays;
import TerminalIO.*;
public class Permute {
static KeyboardReader reader= new KeyboardReader ();
static int k= reader.readInt("Enter k-tuple");
static void permute(int level, String permuted,
boolean[] used, String original) {

if (level == k) {
System.out.println(permuted);
} else {
for (int i = 0; i < 4; i++) {
if (!used[i]) {
used[i] = true;
permute(level + 1, permuted + original.charAt(i), used, original);
used[i] = false;
}
}
}
}

public static void main(String[] args) {
String s = "ACGTACGTACGTACGTACGT";
boolean used[] = new boolean[20];
Arrays.fill(used, false);
permute(0, "", used, s);
}
}

Po wprowadzeniu wartości K wynoszącej 2 daje mi to:

• AC
• AG
• W
• CA
• CG
• CT
• GA
• GC
• GT
• TA
• TC
• TG

Idealnie byłoby wydrukować:

• AC
• AG
• W
• AA
• CA
• CC
• CG
• CT
• GA
• GG
• GC
• GT
• TA
• TC
• TG
• TT

Odpowiedzi:

public class Permute {

static String s = "ACGT";

static void permute(int level, String prefix) {

if (level == 0) {
System.out.println(prefix);
return;
}
for (int i = 0; i < s.length(); i++)
permute(level - 1, prefix + s.charAt(i));
}

public static void main(String[] args) {
int k = 4;
permute(k, "");
}

}

A co z tym? (bez rekurencji)

void permute(char[] alphabet, int k) {
int permutationNumber = (int) Math.pow(alphabet.length, k);
for (int i = 0; i < permutationNumber; i++) {
for (int j = 0; j < k; j++) {
System.out.print(alphabet[(i + (j * i / alphabet.length)) % alphabet.length]);
}
System.out.println();
}
}

ArrayList<ArrayList<String>> results= new ArrayList<ArrayList<String>>();

public static void main(String... args) {
String[] letters= new String[] {"a", "t", "g", "c"};
List<String> list= Arrays.asList(letters);

for (int i=0; i<list.size(); i++) {
ArrayList<String> startList= new ArrayList<String>();
startList.add(list.get(i));
permute(list, 2, startList);
}

//result lists of strings are saved in results
for (ArrayList<String> result : results) {
System.out.println(result);
}
}

private static void permute(List<String> letters, int endLength, List<String> startList) {
if (startList.size() >= endLength) {
results.add(startList);
return;
}

for (int i=0; i<letters.size(); i++) {
ArrayList<String> newStartList= new ArrayList<String>(startList);
newStartList.add(letters.get(i));
permute(letters, 2, newStartList);
}
}