jak kontrolować ImageJ z Python 3.4.2 - python, opencv, python-3.x, imagej

Próbuję użyć Pythona 3.4.2 do sterowania ImageJ

co chcę zrobić to z kodu Pythona , Chcę wysłać zamówienia do imageJ, aby przeanalizować niektóre obrazy, wykryć krawędzie, kontrast, szum itp jest tu podobne pytanie Jak podłączyć ImageJ do Pythona? ale nie ma odpowiedzi, np. „zainstaluj to i kontroluj przycisk Znajdź krawędzie za pomocą tego polecenia”

Zastanawiam się, jak mogę to zrobić, czy ktoś może mi pomóc

Znalazłem to połączyć, i to połączyći mówią, że jest to możliwe przy użyciu „import ij”, ale nie ma biblioteki ij, której mogę użyć lub zainstalować.

także ImageJ stronie internetowej mówi w „Jak mogę zadzwonić do ImageJ z mojego oprogramowania?„to” Jeśli twoje oprogramowanie jest napisane w innym języku, takim jak C lub Python, istnieje wiele sposobów integracji funkcji Java. Musisz wybrać, który jest najlepszy dla twoich szczególnych wymagań. ”Ale nie ma żadnych szczegółów

to Strona Google mówi, że dzięki "py4ij" mogę kontrolować imagej za pomocą pythona "Py4IJ - Python dla ImageJ - wtyczki i IDE, które umożliwiają dostęp do ImageJ Pythonowi i Jythonowi"

ale nie jestem pewien, jak go uruchomić, Pomoc

jako alternatywa dla Imagej jest Fidżi, ale nie jestem pewien, czy Python może to kontrolować, czy muszę użyć Fidżi, i Samouczek Fidżi

moja ostatnia alternatywa to Używanie OpenCV do przetwarzania obrazu, ale faktycznie muszę użyć ImageJ lub Fidżi, więc OpenCV nie jest prawidłową odpowiedzią

dzięki

EDYTOWAĆ

zgodnie z pierwszą odpowiedzią sugeruje napisanie modułu RunImageJ CellProfiler, ale moje pytanie brzmi: czy muszę zainstalować CellProfiler? tutaj, zgodnie z przykładami tutaj i tutaj i uruchamianie moduł

czy powinienem podążać za natywnym pomysłem Pythona ten link

w każdym razie pierwszy link do odpowiedzi mówi o Jythonie, ale nie mogę używać Jythona, najnowsza wersja jest oparta na python2.7 i używam 3.4, a nie ma rozwoju dla jythona 3.x

Wsparcie

Odpowiedzi:

1 dla odpowiedzi № 1

Integracja Pythona z ImageJ została niedawno omówiona na nowym forum ImageJ; zobacz Skrypty Pythona wątek.

Podczas gdy koncentruje się na wywoływaniu natywnego koduModuły Pythona, takie jak NumPy z ImageJ, kierunek odwrotny (wywołanie ImageJ z Pythona) są również rozwiązywane przez niektóre rozwiązania, w szczególności moduł RunImageJ CellProfiler. korzyść społeczności.

Ogólnie rzecz biorąc, ten problem jest omawiany na wiki ImageJ na stronie Pyton strona, szczególnie sekcja dotycząca ograniczeń.

---